Стоян Стоянов е бил агент на Държавна сигурност. Вербуван е от о.р Дечко Дечев на 28.11.1977 год. Агентурният псевдоним на Стоян Стоянов е Илиев. Документите въз основа, на които е установена принадлежността на Стоянов към органите на ДС, са лично дело IА-24760 и работно дело IР-9679. През 1979 год. е снет от действащ оперативен отчет.

От 04.01.1993 до 09.06.1993 Стоянов е бил зам. районен прокурор в Ботевград. От 09.06.1993 до 31.12.1994 е заемъл поста районен прокурор.

Комисията за разкриване на документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към Държавна сигурност и разузнавателните служби на Българската народна армия е извършила проверка на 1947 прокурори и военни. Установено е, че 63-ма от тях са с агентурно минало. Имента им са обявени публично с решение №65 от 27.05.2009 год.